Mặc dù cha ông đã lập một qui định vĩnh viễn vào năm 1506 trao tư cách kế vị cho các đời hoàng tử cả nhưng em trai Louis của ông đã phản đối do Wilhelm được sinh ra trước khi sắc lệnh trên có hiệu lực. Với sự hỗ trợ của mẹ và đại tướng, Louis đã buộc Wilhelm phải chấp nhận chia sẻ tước vị với mình vào năm 1516. Louis sau đó phối hợp với anh trai mình và được giao quản lý các quận Landshut và Straubing.

Wilhelm ban đầu tỏ ý đồng thuận với phe kháng cách nhưng đã thay đổi dần thái độ khi phong trào này trở nên phổ biến và có sức ảnh hưởng lớn ở Bayern. Năm 1522, ông ban hành sắc lệnh tôn giáo đầu tiên của Bayern, chính thức cấm các ấn phẩm của Martin Luther. Sau một thỏa thuận với Giáo hoàng Clement VII, năm 1524, Wilhelm đã trở thành một nhà lãnh đạo của phong trào phản kháng cách tại Đức, mặc dù ông vẫn chống lại nhà Habsburgs kể từ khi người em Louis X của ông giành được vương miện của Bohemia. Cả hai vị công tước cũng đã từng phối hợp đàn áp cuộc nổi dậy của nông dân ở Nam Đức trong một liên minh với tổng giám mục của Salzburg vào năm 1525.[1]

Cuộc xung đột với Habsburg chấm dứt vào năm 1534 khi cả hai anh em đạt được thỏa thuận với Ferdinand I của Thánh chế La Mã tại Linz. Wilhelm sau đó cũng ủng hộ Karl V trong cuộc chiến chống lại liên minh Schmalkaldic của phe kháng cách vào năm 1546, nhưng lại không thành công trong việc duy trì tước tuyển đế hầu Palatine. Thủ tướng của Wilhelm trong 35 năm cầm quyền là Leonhard von Eck đầy quyền lực.